Chodzi tu przede wszystkim o fakt, że założeniem Ustawy o refundacji jest możliwość finansowania w programie lekowym kilku, czy nawet wielu, różnych leków. Jest to dość kłopotliwe już na etapie tworzenia programu lekowego. Wnioskodawca, który ubiega się o finansowanie jego produktu leczniczego w nowym programie lekowym (tj. dotyczącym jednostki chorobowej, dla leczenia której dotychczas nie utworzono programu), wraz z wnioskiem o refundację składa proponowany opis programu lekowego. Gdyby z podobnym wnioskiem (ale dotyczącym oczywiście różnych leków) w podobnym czasie wystąpiło dwóch lub więcej przedsiębiorców, minister zdrowia stanie przed trudnym zadaniem uzgodnienia treści programu lekowego, która będzie odpowiadała wszystkim zainteresowanym wnioskodawcom (i będzie oczywiście też do przyjęcia z punktu widzenia publicznego płatnika). Wynika to z faktu, że opis programu musi być wspólny dla wszystkich ujętych w nim produktów (aczkolwiek zasady stosowania poszczególnych leków w programie wymienionych mogą być różne).
Jeszcze większym kłopotem dla ministra zdrowia jest dodanie produktu leczniczego do programu już istniejącego. Dlaczego? Po wydaniu decyzji o refundacji leku w programie lekowym opis programu załącza się do decyzji administracyjnej; tym samym staje się on integralną częścią decyzji (jednej lub wielu, w przypadku, gdy w programie finansowane są różne preparaty). Aby kolejny produkt leczniczy mógł być włączony do programu lekowego, jego opis musi być odpowiednio zmodyfikowany, a to wymaga zmiany wszystkich obowiązujących decyzji, do których jest załączony. W efekcie, każdy przedsiębiorca, którego lek już jest w programie finansowany, musi wyrazić zgodę na dodanie do programu innego produktu, najczęściej konkurencyjnego (ponieważ zmiana wydanej na rzecz wnioskodawcy decyzji o refundacji wymaga zgody tego wnioskodawcy). Jak można sobie wyobrazić, nie wszyscy wnioskodawcy, którzy już korzystają z finansowania leku w ramach programu lekowego, są bardzo otwarci na poszerzanie dostępu do programu dla kolejnych produktów; zwłaszcza, że nie zawsze zmiany katalogu produktów finansowanych w programie są oczywiste i w pełni zrozumiałe z punktu widzenia celów terapii czy jej bezpieczeństwa.
„Wielolekowość” programu lekowego bywa kłopotliwa nie tylko dla ministra zdrowia, ale również dla wnioskodawców. Przykładowo, jeżeli po kilku czy kilkunastu miesiącach stosowania leków w programie zaistnieje potrzeba dokonania jakiejkolwiek modyfikacji w jego warunkach (na przykład dodania nieistniejącego wcześniej warunku kwalifikacji pacjentów do programu, czy uwzględnienia nieprzewidzianego wcześniej kryterium wyłączenia pacjenta z programu), znów będzie to wymagało zgody wszystkich wnioskodawców objętych programem. Tym samym program, który łączy finansowanie różnych produktów, o nierzadko różnych właściwościach, przeciwwskazaniach czy szczególnych warunkach stosowania, nie pozwala na szybkie i elastyczne reagowanie na konieczność dokonania zmian w przebiegu leczenia, jaka może pojawić się w trakcie jego wykonywania.
Wydaje się zatem, że zmiana formuły tworzenia i wykonywania programów jest wysoko na liście priorytetów do wdrożenia przy okazji najbliższej nowelizacji Ustawy o refundacji. Dokonanie takich zmian w przepisach będzie jednak trudne, zwłaszcza w kontekście obecnie obowiązujących programów; nowelizacja nie może bowiem pozbawić prawa dostępu do leczenia pacjentów, którzy już korzystają z terapii finansowanych w ramach programów lekowych.
