Wątpliwości kontrolerów wzbudziła w pierwszej kolejności forma organizacyjno-prawna Funduszu.
– Już po 18 dniach funkcjonowania nastąpiła zmiana formy organizacyjno-prawnej na fundusz obsługiwany przez Bank Gospodarstwa Krajowego. W konsekwencji gospodarowanie środkami przestało podlegać przepisom ustawy o finansach publicznych i kontroli przewidzianej dla środków publicznych. Działanie to, zdaniem NIK, narusza podstawowe zasady budżetowe, w tym zasadę jawności, przejrzystości, jedności i zupełności budżetu państwa – powiedział Stanisław Jarosz, dyrektor Departamentu Budżetu i Finansów NIK podczas prezentacji raportu.
W odpowiedzi na te wątpliwości, Prezes Najwyższej Izby Kontroli złożył wniosek do Trybunału Konstytucyjnego o zbadanie zgodności przepisu tworzącego Fundusz z Konstytucją. W rezultacie zmiany formy funduszu prezes Rady Ministrów został organem faktycznie zarządzającym funduszu funduszem, jednak w praktyce nie uznał on swojej roli, gdyż jego zdaniem obowiązki te należały do dysponentów.
– Zaniechania w tym zakresie doprowadziły do rozproszenia odpowiedzialności i stwierdzonych przez Najwyższą Izbę Kontroli nieprawidłowości. Fundusz Przeciwdziałania COVID-19, z uwagi na bardzo ogólne sformułowanie jego tytułu i celu utworzenia w ustawie tworzącej, stał się de facto narzędziem dofinansowania praktycznie dowolnego zakresu zadań, począwszy od zakupu świadczeń opieki zdrowotnej, leków sprzętu medycznego przez budowę dróg czy zakup chociażby śmieciarek, jak również udzielanie pożyczek dla podmiotów rynku paliw gazowych – wymieniał Stanisław Jarosz.
Ze środków funduszy przeciwdziałania COVID finansowano między innymi zadania inwestycyjne jednostek samorządu terytorialnego w ramach dwóch programów: Rządowego Funduszu Inwestycji Lokalnych, a następnie Funduszu Inwestycji Strategicznych.
Na inwestycje lokalne i strategiczne rozdzielono ponad 71 miliardów złotych. Z tego w trybie konkursowym aż 65 miliardów złotych. W ramach RFIL wpłynęło ponad 24 tys. wniosków na łączną kwotę ponad 100 miliardów złotych, z czego wypłacono dofinansowanie na kwotę 13 miliardów, czyli nieco ponad 13 proc. wnioskowanej kwoty. Natomiast w ramach Funduszu Polski Ład, czyli Funduszu Inwestycji Strategicznych, wpłynęło kolejne niemal 20 tys. wniosków na łączną kwotę ponad 174 miliardów złotych, z czego przyznano dofinansowanie dla jednostek samorządu terytorialnego na łączną kwotę 58 miliardów, czyli 33 proc. wartości złożonych wniosków.
W ocenie NIK, proces podejmowania decyzji w tym zakresie nie przebiegał transparentnie. W obu programach prezes Rady Ministrów powołał komisje, których zadaniem było ocenianie wniosków oraz przekazanie rekomendacji co do wysokości przyznanych środków poszczególnych wnioskodawcom. W składzie komisji znaleźli się przedstawiciele Kancelarii Prezesa Rady Ministrów, ministrowie, wiceministrowie czy osoby z BGK. Zabrakło natomiast przedstawicieli samorządów i ekspertów. Uzasadnień podejmowanych decyzji nie dokumentowano w formie papierowej. Kiedy kontrolerzy sprawdzili czas, w jakim następowało rozpatrywanie wniosków, okazało się, że średnio było to od kilkunastu do kilkudziesięciu sekund. Wątpliwości budziła też celowość zadań inwestycyjnych.
– W uzasadnieniu wniosku, na podstawie którego przyznano najwyższe wsparcie w województwie podkarpackim, na kwotę 2 mln złotych, w punkcie „zrównoważony rozwój” napisano: Budowa nowoczesnego centrum turystyki w bieszczadzkiej popegeerowskiej wsi będzie zmaterializowaniem słów premiera naszego rządu, który zadeklarował: „chcemy, by szarość odziedziczona przez popegeerowskie wsie po PRL-u nareszcie została rozświetlona przez nowoczesność oraz będzie naszą pozytywną odpowiedzią na pytanie prezesa PiS Jarosława Kaczyńskiego, czy nie dałoby się na tej ziemi, a także na ziemiach pogranicza wobec Podkarpacia zbudować polskiej Bawarii?” – cytował Stanisław Jarosz.
W ocenie Najwyższej Izby Kontroli, zarówno trudne uwarunkowania społeczno-gospodarcze, w których utworzono Fundusz, jak i sposób, w jaki nim zarządzano, a także wystąpienie nadzwyczajnego stanu wywołanego epidemią nie usprawiedliwiają nieprzestrzegania przez administrację rządową prawa, w tym niestosowania zasad jawności i przejrzystości postępowania w zakresie gospodarowania środkami publicznymi. Po kontroli Najwyższa Izba Kontroli sformułowała wniosek systemowy o wygaszenie Funduszu Przeciwdziałania COVID-19. NIK złożyła wniosek do Trybunału Konstytucyjnego o zbadanie zgodności z Konstytucją przepisów ustawy COVID-owej, a zwłaszcza zapisów, na podstawie których utworzono Fundusz. NIK zwróciła też uwagę na ryzyko występowania mechanizmów korupcjogennych. Prezes Najwyższej Izby Kontroli przekazał informację o wynikach kontroli do Centralnego Biura Antykorupcyjnego.