Weto Senatu było praktycznie pewne już przed posiedzeniem senackiej Komisji Zdrowia, gdy jej przewodnicząca podczas Kongresu Wyzwań Zdrowotnych w Katowicach ujawniła, że senaccy legislatorzy stwierdzili szereg poważnych konstytucyjnych uchybień w ustawie. Beata Małecka-Libera podkreślała wówczas, że Senat stara się wprowadzać poprawki do ustaw, ale takich, które wprost są z konstytucją niezgodne, poprawiać nie może, stojąc na straży ustawy zasadniczej. Debata podczas posiedzenia Komisji Zdrowia była okazją do zaprezentowania tych zastrzeżeń a także uwag senatorów.
Podczas czwartkowych obrad Senatu przedstawiła je syntetycznie senator Małecka-Libera, która nazwała dokument „zlepkiem” niepowiązanych ze sobą przepisów. Skrytykowała ustawę za kolejną odsłonę centralizacji systemu przez likwidację Centrum Monitorowania Jakości i przeniesienie jego zadań do Narodowego Funduszu Zdrowia, czego skutkiem – jak mówiła – będzie konflikt interesów, bo akredytację podmiotów będzie prowadzić ta sama instytucja, która kontraktuje z nimi świadczenia.
Małecka-Libera mówiła też o krytyce ustawy ze strony m.in. samorządu lekarskiego i części organizacji pacjentów w kontekście systemu no-fault.
Wiele emocji wzbudziła kwestia wprowadzonej w Sejmie do rządowego projektu ustawy poprawki, przewidującej przekazanie w pierwotnej wersji 20 mln zł, a następnie i ostatecznie 50 mln zł z funduszu zapasowego NFZ na Fundusz Rozwoju Kultury Fizycznej, z przeznaczeniem na dofinansowanie półkolonii. Z tych pieniędzy, jak w Sejmie tłumaczył minister sportu Kamil Bortniczuk, mają być sfinansowane porady psychologów, fizjoterapeutów i dietetyków – wszystko w ramach wspólnego projektu ministerstw zdrowia i sportu promującego zdrowy styl życia. W Senacie wiceminister zdrowia Maciej Miłkowski stwierdził, że resort zdrowia był poprawką poselską zaskoczony, ale dodał, że ponieważ pieniądze trafią na dobry cel, „można tylko podziękować”. Wydaje się rzeczą niemal niemożliwą, by rzeczywiście posłowie PiS zaskoczyli – na jakimś etapie – resort zdrowia. Gdy na początku lutego sejmowa Komisja Zdrowia obradowała nad sprawozdaniem podkomisji (którego ostatecznie nie przyjęła) i wypłynęła sprawa poprawki przewidującej przekazanie pieniędzy na Fundusz Rozwoju Kultury Fizycznej, wiceminister Waldemar Kraska nie tylko nie był zaskoczony, ale wyjaśniał posłom dokładnie, na co pieniądze zostaną przeznaczone. Kropkę nad „i” postawił zaś miesiąc później minister Bortniczuk, szeroko referując posłom powody, dla których ministerstwa zdecydowały się na „wspólny projekt” (zresztą w połowie finansowany przez resort sportu, pieniądze przekazane przez NFZ mają być „wsadem” resortu zdrowia).