Wykorzystanie jednokomórkowej technologii RNAseq jest jak do tej pory najbardziej wnikliwą analizą rdzeniaka. Dzięki tej technologii można poddać badaniu zarówno znane, jak i nowe transkrypty.
Wyniki badania wskazują na związek pomiędzy czterema znanymi podtypami rdzeniaka oraz sugerują wcześniej nieznaną komórkę pochodzącą z podgrupy, grupy 4, która nie została jeszcze dostatecznie zbadana.
Badane zagadnienia zostało już wcześniej podjęte przez naukowców z laboratorium Northcott, którzy zaklasyfikowali rdzeniaka do czterech różnych podtypów: WNT i SHH - kierowane przez ich imienne mutacje genetyczne oraz grup 3 i 4.
Aż 60% wszystkich rdzeniaków stanowi grupa 3 i 4. Brakuje szczegółowych modeli, które naśladowałyby grupę 4.
Przebieg analizy
Naukowcy, przy użyciu próbek pobranych od pacjentów z nowotworami z każdych 4 grup, wykonali sekwencjonowanie pojedynczych komórek RNA.
Ten rodzaj techniki pozwolił na ocenienie każdej komórki, dając szczegółowy obraz powstawania konkretnych podtypów oraz na ocenie korelacji między nimi.
Technologia RNAseq wykracza poza tradycyjne sekwencjonowanie genetyczne i bada w jaki sposób kontrolowane są geny, podkreślając kluczowe mechanizmy komórek.
Wyniki badania
Po raz pierwszy wskazano, że guzy grupy 4 mogą powstawać z komórek móżdżku zwanych glutaminergicznymi jądrami móżdżku. Co może okazać się kluczowe w przyszłych, szczegółowych modelach laboratoryjnych. Co ciekawe badanie nie potwierdziło komórki rdzeniaka grupy 3, co może być spowodowane tym, że grupa 3 może powstawać z tkanek poza mózgiem, które nie były poddawane badaniu.
W czasie badania grupy pośredniej naukowcy wskazali, że skład guzów to mieszanina dojrzałych oraz niedojrzałych komórek nowotworowych. Przeprowadzone badanie potwierdziło, że guzy SHH powstają najprawdopodobniej z progenitorów neuronów ziarnistych móżdżku.
Za sprawą badania łatwiej dostrzec różnice, które wynikają chociażby z wieku pacjentów.
Zdaniem badaczy u niemowląt guzy SHH są znacząco zróżnicowane. Oznacza to, że komórki dojrzały do ostatecznego typu komórek. Z kolei, u dorosłych guzy SHH są mniej zróżnicowane. Różnica może być powiązana ze znaczącą liczbą mutacji genetycznych obecnych w nowotworach dorosłych.
Obserwacja wskazała również, że guzy WNT można podzielić na 4 odmienne populacje komórek nowotworowych, oczywiście w oparciu o profile ekspresji genów.
Źródło: news-medical.net
