Maciej Miłkowski jako podsekretarz stanu w Ministerstwie Zdrowia od 2018 roku zajmował się polityką lekową. Był jedynym wiceministrem rządu Mateusza Morawieckiego, z którym nowa Rada Ministrów kontynuowała współpracę.
Maciej Miłkowski ukończył Szkołę Główną Handlową, a także studia MBA w Wyższej Szkole Przedsiębiorczości i Zarządzania im. Leona Koźmińskiego w Warszawie - Zarządzanie i Ekonomika Technologii Medycznych. Rozpoczynał pracę w bankowości inwestycyjnej w Polskim Banku Inwestycyjnym.
Od początku, tj. od kwietnia 1998 r., współorganizował Mazowiecką Regionalną Kasę Chorych i został jej pierwszym członkiem zarządu ds. ekonomiczno-administracyjnych oraz dyrektorem finansowym. Od 2002 r. przez trzy lata prowadził NZOZ Europejskiej Kliniki Rehabilitacji VICTORIA.
W latach 2005-2007 pracował w Instytucie Matki i Dziecka jako pełnomocnik dyrektora ds. finansowo-księgowych oraz zastępca dyrektora ds. ekonomicznych.
Od czerwca 2007 r. do stycznia 2016 r. był zastępcą dyrektora ds. ekonomicznych Instytutu Kardiologii im. Prymasa Tysiąclecia Stefana Kardynała Wyszyńskiego w Warszawie.
Od 15 lutego 2016 r. pełnił funkcję Zastępcy Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia ds. Finansowych.
